经国家民政部批准，成立于1992年7月3日。主管单位为国务院国有资产监督管理委员会，业务上接受国家教育部、国家卫生和计划生育委员会、国家食品药品监督管理局、国家中医药管理局业务指导。目前，在全国医药教育领域是一个以医学和药学教育为主的全国唯一的国家一级协会。肩负着有关行业标准的制定，相关政策的贯彻和落实，医药教育事业发展的引领和转型担当的各项任务。 在上级主管部门的正确领导下，本协会坚持“学术立会、科技强会、服务兴会”的办会指导思想，认真贯彻和落实党和国家的各项方针政策，充分发挥社团组织的参谋助手、桥梁纽带及组织协调等作用，遵照“自身建设好，作用发挥好，社会形象好”的目标 ，“以教育为本、内强素质、创新务实、外树品牌”的工作思路，在加强协会自身建设，拓宽为会员服务领域等方面做了大量卓有成效的工作。2013年，被评为国家AAA级协会，而且连续四年（2012、2013、2014、2015）年检为国家合格单位，从而为跻身于争创先进品牌协会创造了有利条件。在此基础上，本协会注重自身建设，提升服务质量，成功打造了多项核心品牌业务，综合实力明显增强，2015年被国家民政部评为“全国先进社会组织”，并列为298名榜首。