生物信息学数据库及公共资源介绍

1、生物信息学数据库与公共生物信息资源与应用NCI数据库介绍：PubMed、Genank、Entrez等，数据查询检索；GEO、SR数据库使用；KEGG数据库介绍；

生物信息学基础（上机操作）

1、linux基础：掌握Linux系统下的常用命令掌握linux环境下软件的安装使用了解shell脚本的编写2、perl基础：介绍Perl 的基本元素Perl在生物信息中应用示例

二代测序技术原理及基因组拼接

1、介绍目前主流二代测序仪的测序原理；2、主要操作流程及特点；3、序列拼接的技术方法；4、常用软件及全基因组个性化组装的技巧；

基因组拼接组装（以细菌/病毒为例）（上机操作）

1、全基因组组装的流程介绍；2、原始测序数据的预处理；3、分别介绍Velvet和SOPdenovo的使用，并以一株细菌的测序数据为例进行组装；4、介绍Newbler的使用，并以噬菌体数据为例进行组装；5、以细菌的数据为例，介绍填补gap的方法，包括延伸法，局部拼接法；

1、讲解基因组重测序的概念、目的与应用；2、结合实例讲解其原理、类据类型与格式、操作流程、软件等相关知识；

基因组重测序数据分析实例（上机操作）

1、对二代测序数据的解读；2、数据质量控制及数据过滤；3、使用W和Samtools进行数据比对并对比对结果进行可视化；4、寻找SNP和Indel并进行注释；5、寻找结构变异并对变异进行注释；

转录组测序与数据分析

1、转录组基本概况和研究前沿介绍：包含mRN/miRN/lncRN/circRN及全转录本和ceRN的概念介绍；2、转录组测序技术流程及技术细节；3、转录组芯片主流产品介绍(1h)；4、转录组应用案例；

转录组数据分析实例（上机操作）

1、转录组数据准备和软件介绍及安装；2、转录组数据的比对；3、表达量估计和分析；4、后续功能分析简介；

1、利用DVID免费在线分析工具进行基因功能分析，结果解读；2、基于String、DIP等数据库的蛋白质相互作用分析与图形可视化；3、利用Cytoscape 绘制生物分子交互作用复杂网络图、生物学通路的方法及技术应用；4、利用ENCOLD、RegulomeD对疾病突变位点进行功能性分析；5、利用R的绘图命令绘制常见的图表（散点图、条形图、文氏图、饼图、盒形图、频率直方图及热图等的绘制）