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- 生信简介;
- 宏基因组,代谢组,脂质组简介;
- 宏基因组生信文献解读;
- 宏基因组与其他组学整合文献解读;
- 国自然宏基因组代谢组撰写思路;
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- R软件与Rstudio软件安装;
- R基础——类与对象(元素、向量、矩阵);
- R基础——函数;
- R基础——路径修改、
- R基础——文件导入;文件保存(图表等);
- R基础——R包及安装(后续实操)
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- 16s测序分析报告解读;
- 宏基因组测序分析报告解读;
- 代谢组分析报告解读;
- 脂质组分析及报告解读
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- α多样性分析;
- β多样性分析;
- 物种组成柱状图;
- 物种热图分析(纲目科属)
- LeFse分析树形图分析。
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- 菌群无监督PCA分析;
- 菌群有监督OPLS/DA分析
- 差异菌群分析(logFC , Pvalue);
- 差异菌火山图与差异菌基因热图;
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- 液相色谱LCMS的阳离子(POS)阴离子(NEG)模式分析;
- 代谢物的有监督和无监督聚类;
- 差异代谢物分析(logFC , Pvalue, VIP)
- 差异代谢物火山图与差异菌基因热图;
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- 功能通路富集分析气泡图
- 16s与代谢组整合共表达分析。
- 桑基图分析;
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- metaboAnalyst数据库通路富集;
- Venn图在线工具;
- Pathway map图制作
- 疾病与菌属关联Disbiome database
- gutMDisorder |疾病和干预中肠道微生物群失调的综合数据库
- GMrepo数据库
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