前身为1928年创建的静生生物调查所和1929年成立的北平研究院植物研究所，1950年合并为中国科学院植物分类研究所，1953年改为。研究所以整合植物生物学为学科定位，以植物对环境适应的生物学基础为主要研究方向，以绿色高效农业和生态环境的国家需求为重要研究领域，重点在植物系统发育重建和进化、陆地植被/生态系统与全球变化、资源植物分子与发育生物学、植物信号转导与代谢组学、生物多样性保育与可持续利用等方面开展系统的研究。

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